การฆ่าเชื้อด้วยหม้อนึ่งความดันประกอบด้วยสามขั้นตอนที่แตกต่างกัน:
การกำจัดอากาศ: ในระยะเริ่มแรกนี้ เครื่องนึ่งฆ่าเชื้อจะกำจัดอากาศออกจากห้องเพาะเลี้ยง ปั๊มสุญญากาศจะดูดอากาศออก ทำให้เกิดสภาพแวดล้อมที่มีแรงดันต่ำ ขั้นตอนนี้ทำให้มั่นใจได้ว่าไอน้ำสามารถแทรกซึมทุกพื้นที่ได้อย่างมีประสิทธิภาพและเข้าถึงปริมาณเพื่อการฆ่าเชื้อที่เหมาะสม
การฆ่าเชื้อ: เมื่อเอาอากาศออก อุณหภูมิภายในหม้อนึ่งความดันจะถึงระดับที่ถูกต้อง ไอน้ำอิ่มตัวที่เกิดขึ้นภายใต้ความกดดัน ฆ่าเชื้อแบคทีเรีย ไวรัส และจุลินทรีย์อื่นๆ อุณหภูมิปกติสำหรับการฆ่าเชื้อคือ 121 องศา ที่ความดัน 1.1 กิโลกรัม/ตารางเซนติเมตร (กก./ซม.²) (เทียบเท่ากับ 15 ปอนด์/ตารางนิ้ว (ปอนด์/นิ้ว²)) ระยะเวลาของการนึ่งฆ่าเชื้อจะแตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับปริมาตรของวัสดุที่บรรจุ แต่โดยทั่วไปจะถือว่าเป็น 15-20 นาที
การทำความเย็น/การทำให้แห้ง: หลังจากการฆ่าเชื้อ ไอน้ำจะถูกปล่อยออกมา และหม้อนึ่งความดันจะเย็นลง เมื่ออุณหภูมิปลอดภัยแล้ว ประตูก็จะเปิดออก และอุปกรณ์ที่ผ่านการฆ่าเชื้อก็พร้อมใช้งาน
การกำจัดอากาศอย่างมีประสิทธิภาพ การวางตำแหน่งสิ่งของที่เหมาะสม และเวลาในการทำความร้อนที่เพียงพอ มีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการฆ่าเชื้อด้วยหม้อนึ่งฆ่าเชื้อได้สำเร็จ